一、职能调整
（一）进一步强化市委农工委对全市农村政策的研究，推进社会主义新农村建设。
（二）将市农业局承担的农村劳动力转移、进城务工农民的管理和服务的相关职能划归市劳动和社会保障局，将重庆市劳务开发领导小组办公室由设在市农业局调整为设在市劳动和社会保障局。
（三）将市农办承担的农田基础设施建设的相关职能划归市水利局。
（四）将市农机局承担的农村机电提灌管理的相关职能划归市水利局。

二、主要职责
根据上述职能调整，市委农工委、市农业局主要履行以下职责。

■市委农工委主要职责：
1、贯彻执行党的路线、方针、政策和市委的决议、决定；对全市农业、农村工作和市级农村工作系统实行领导，保证党在农村各项方针、政策的贯彻执行；负责市委农村工作领导小组的日常工作。
2、负责市级农村工作系统党组织的思想建设、组织建设、作风建设和党风廉政建设；审批市级农村工作系统基层党委的设立；配合市委组织部抓好农村基层党组织建设。
3、贯彻党的干部路线、方针和政策；协助市委及市委组织部管理市级农村工作系统及中央在渝有关局级单位领导班子和领导干部。
4、负责指导全市农村工作系统党的宣传思想政治工作和精神文明建设；负责市级农村工作系统干部、党员及职工的思想政治教育。
5、负责全市农业和农村工作政策研究，及时向市委提出新农村建设、农村改革和发展的政策性建议。
6、负责市级农村工作系统知识分子、统战、民族、宗教工作。
7、负责本单位和直属单位干部人事管理；指导市级农村工作系统做好离退休人员管理工作，负责本单位离退休人员管理工作。
8、市委交办的其他工作。

■市农业局主要职责：
1、贯彻执行党中央、国务院和市委、市政府关于农业和农村工作的法律、法规、方针、政策；研究拟定全市农业和农村发展战略、中长期发展规划，经批准后组织实施。
2、研究拟定全市农业的产业政策，引导农业产业结构的合理调整、农业资源的合理配置和产品品质的改善；提出有关农产品及农业生产资料价格、大宗农产品流通、农村信贷、税收及农业财政补贴的政策建议；起草种植业、畜牧业、渔业等农业产业的地方性法规草案。
3、研究提出全市深化农村经济体制改革的意见；指导农业社会化服务体系建设和乡村集体经济组织、合作经济组织建设；指导、监督减轻农民负担和耕地使用权流转工作。
4、研究制定农业产业化经营的有关政策和大宗农产品市场体系建设与发展规划，促进农业产前、产中、产后一体化；制定全市“菜篮子工程”的规划、政策、改革方案，并组织实施“菜篮子工程”；组织协调农业生产资料市场体系建设；配合有关部门做好全市农业综合开发和主要农产品进出口计划工作；预测并发布农业各产业产品及农业生产资料供求情况等农村经济信息。
5、组织全市生态农业和农业可持续发展工作；负责全市农村可再生能源的综合利用；参与基本农田保护区的规划、划定及管理工作；依法或根据授权负责农用地、渔业水域、草原、草山草坡、宜农滩涂、宜农湿地的管理和农牧渔业生物物种资源的保护和管理；负责保护水生野生动植物和渔业水域生态环境；代表政府行使渔政渔港监督管理的权力。
6、制定全市农业科研、教育、技术推广及其队伍建设的发展规划和有关政策，实施科教兴农战略；组织重大农业科技项目攻关和重大农业科技成果的鉴定、评审、推广；归口管理中等农业教育、成人教育、农民职业教育和农牧渔业科研工作；组织农业植物新品种的保护工作；指导农业教育和农业职业技能开发工作；负责农业中高级专业技术职称的评审工作。
7、拟定农业产业的技术标准并组织实施；组织实施农业产业产品和绿色食品的开发、认证、质量监督和管理工作；负责种子、种苗、化肥、农药、兽药、渔药、饲料和饲料添加剂等农业投入品的质量监测、鉴定和执法监督管理；组织监督农业产业方面的国家和行业标准的实施；组织重庆市名牌农产品认证工作，实施农业名牌战略。
8、主管全市动植物内检（不含森林植物内检）和动物防疫工作，发布疫情并组织扑灭；负责兽医医政、兽药（渔药）药政药检工作。
9、负责种植业、畜牧业、渔业、饲料工业等产业的行业管理和国有良（原）种场的管理。
10、负责研究提出农业机械化发展方向及重大技术措施建议；引导农业机械产品结构调整，提高农业机械化普及和应用水平；拟定农机作业规范和技术标准；组织实施农业机械的安全监理、产品质量检验、鉴定和论证管理。
11、主管农业涉外事务，组织有关国际经济、科技交流与合作，指导农业援外工作，推进全市农业对外开放。
12、负责局属企事业单位国有资产管理，按照权限管理直属单位人事、劳动工资、机构编制工作；指导有关社会团体为农业经济发展服务。
13、负责统筹管理全市农业综合开发工作。
14、市政府交办的其他事项。